Normalment, arrenquen de col·leccions privades d’aficionats i/o d’antiquaris que acabaren donant-les als ajuntaments o a altres institucions de rang superior per tal que els garantissin una conservació eficient i una exposició pública. Sovint, aquests centres d’exposició i de recerca no es troben a les grans capitals, sinó més aviat en pobles on els ciutadans més il·lustrats tingueren cura dels elements antics que anaven apareixent per la comarca i els guardaven en l’embrió del que acabaren essent els museus arqueològics dels Països Catalans, ja sigui en l’àmbit local, comarcal o nacional. En són exemple casos com el de Banyoles, on les col·leccions de Pere Alsius i de Josep M. Corominas serviren de base a la formació del Museu Municipal de Banyoles; el de Reus, on la col·lecció de Salvador Vilaseca fou el nucli inicial del Museu Municipal que porta el seu nom; el de Solsona, basat en els nombrosos treballs fets per J. Serra i Vilaró; el de Sabadell, que parteix de les recerques fetes per Josep Renom o el de Villena, fet a partir dels materials recuperats per Josep M. Soler, etc. Això no obstant, les capitals més importants dels Països Catalans, Barcelona, València i Palma, han vist potenciada la importància dels seus museus arqueològics gràcies a la centralització administrativa; molts materials dels territoris administrativament adscrits a aquestes unitats geogràfiques anaren a parar a aquests “museus centrals”. De fet, l’únic que, en un moment donat, fou legalment el centre administratiu de l’arqueologia d’un dels territoris del Països Catalans fou el de Barcelona, que durant la Segona República s’anomenà Museu d’Arqueologia de Catalunya, denominació recentment recuperada arran dels traspassos de la Diputació de Barcelona a la Generalitat l’any 1997. Al País Valencià els museus provincials de Castelló i Alacant tingueren una funció important, tot i que València continuà quedant-se amb importants restes materials; i un cas paral·lel es donà a les Illes, on Maó i Eivissa també tingueren un paper semblant respecte de Palma, aquí amb l’agreujant de la insularitat.
L’organizació dels museus dels Països Catalans després de la Guerra Civil Espanyola es feu a partir de l’estructura de les diputacions provincials: cada província tenia el seu museu a Catalunya i al País Valencià, llevat del cas de Tarragona, que depenia de l’Estat. Això mateix passa amb els tres museus insulars de les Illes, el de Mallorca (Palma), el de Menorca (Maó) i el d’Eivissa. A la Catalunya del Nord la creació de museus arqueològics generalistes ha estat inexistent; els més propers es troben al Llenguadoc (Museu Arqueològic de Narbona).
Els museus monogràfics dedicats a jaciments concrets foren escassos en un primer moment: Empúries, Ullastret, les necròpolis de la Tabacalera de Tarragona, Sagunt o l’Alcúdia d’Elx. Algunes ciutats bastides sobre ruïnes romanes i medievals han aixecat museus de titularitat municipal a sobre de les mateixes restes arqueològiques, com és el cas de Bètulo(Museu de Badalona), de Bàrcino(Museu d’Història de la Ciutat de Barcelona) o de la mateixa Tàrraco(Museu d’Història de la Ciutat de Tarragona). Actualment, les comunitats autònomes que corresponen als territoris dels Països Catalans dins l’Estat espanyol tenen traspassades les competències en matèria de museus i d’arqueologia. Això ha fet que l’organització sigui ben diferent en cada cas, a causa de la història i de la política cultural de cada govern autonòmic. A Catalunya, a partir del 1981, any en què es reberen els traspassos de Madrid, s’organitzà una xarxa de museus comarcals que es basava en convenis amb antics museus de titularitat eclesiàstica (com és el cas de Solsona, que passà a ser el del Solsonès) o municipal (com ara el de Reus, ara del Baix Camp). Es crearen nous museus com el d’Amposta (Museu Comarcal del Montsià) o el d’Olot (Museu Comarcal de La Garrotxa). Per primera vegada fou nomenat director de cada museu un titulat superior amb coneixements específics del tema. La llarga tradició a Catalunya de museus arqueològics ha fet que les trajectòries hagin estat força diferents: alguns s’han revitalitzat amb l’arribada dels professionals de la museologia (Capellades, Mataró, Granollers, Isona, Torroella de Montgrí o Gavà), d’altres s’han actualitzat a partir d’un patronat, però sense un professional al capdavant (Moià) i d’altres s’esllangueixen sense unes instal·lacions adequades ni un personal qualificat. La xarxa de museus de Catalunya ha desaparegut durant els anys noranta com a organització estructurada.
Al País Valencià, el principal museu de temes arqueològics fou el de Prehistòria, fundat l’any 1927 pel Servei d’Investigació Prehistòrica de la Diputació de València i que recentment, tot i conservar el seu nom de Museu de Prehistòria, s’ha integrat en un consorci de museus de cultura valencians i ha perdut bona part de la seva personalitat. Deixant de banda els ja esmentats museus provincials de Castelló i d’Alacant, algunes localitats sustentaren museus locals de reconegut prestigi, com ara el d’Alcoi i el de Gandia. La renovació metodològica de la museologia ha anat arribant a aquestes terres en forma de nous enfocaments com el que s’està donant al Museu Arqueològic d’Alacant, o de museus temàtics com el de la Valltorta a Tírig, Castelló. Aquest museu, concebut dins d’un parc arqueològic, està dedicat monogràficament a l’art prehistòric a partir de la presència a la zona d’un dels nuclis més importants de pintures rupestres llevantines de l’arc mediterrani ibèric.
El cas de les Illes és el menys dinàmic, ja que la fragmentació insular ha repercutit negativament en el desenvolupament dels seus museus. La titularitat estatal dels museus de Mallorca, Menorca i Eivissa s’ha mantingut fins al final dels anys noranta, i el seu traspàs a l’autonomia tampoc no ha aclarit si depenien del Consell Interinsular o, respectivament, de cadascun dels tres consells insulars implicats. Aquests dubtes i vacil·lacions, més de caràcter polític que no pas científic, han fet que les reformes hagin anat mantenint obertes amb dignitat aquestes institucions, però que no hagin pogut projectar la seva influència social i de recerca en els seus respectius territoris. Pel que fa als altres municipis insulars, han continuat mantenint la seva tasca divulgativa, com ara els casos d’Artà (impulsat pel pare Veny), de Deià (producte de la tasca de Waldren) o de Ciutadella. Finalment, un parell de jaciments arqueològics tenen un petit museu in situ, com ara el d’Alcúdia, dedicat a la ciutat romana de Pollentia i que fou creat com una extensió del Museu de Mallorca, i del de Sanitja, a la costa nord de Menorca, també sobre un assentament romà.
Ben poques són les institucions remarcables de la Catalunya del Nord, pel que fa al tema museològic. La més important és el Museu de Prehistòria de Taltaüll, la creació del qual és producte de les excavacions fetes des de la meitat de la dècada del 1960 a la cova de l’Aragó per l’equip del professor Henry de Lumley. Després d’unes primeres sales obertes a la darreria dels anys setanta, durant la segona meitat dels vuitanta s’abordà una gran remodelació i ampliació de les sales; es recullen ja els materials prehistòrics de tot el Rosselló i s’entrà en un procés d’audiovisuals i de reconstrucció d’escenes força controvertit, però que el fa molt atractiu per als visitants no iniciats. L’altre punt d’atenció d’aquestes terres septentrionals és el petit museu de Bellestar, a la Fenolleda, dedicat monogràficament als materials arqueològics apareguts en un jaciment del neolític.