Fou fundat l’any 1906. El 1912 es dissolgué i el 1916 fou refundat. Durant els anys trenta participà en el Campionat de Catalunya amateur amb el nom de Club Esportiu Santjoananec. En l’edició de 1934-35 fou campió del grup del Llobregat. A mitjan anys quaranta tornà a desaparèixer i al començament dels cinquanta recuperà l’activitat amb el nom de Club de Futbol Sant Joan Despí. El 1991 es fusionà amb l’Atlético Villadolores i l’Atlético Torreblanca i adoptà el nom actual. La temporada 2007-08 quedà campió de grup de primera territorial i pujà a preferent, la màxima categoria que ha assolit. S’entrena al barri Centre. Té un extens planter de futbol de base.