El petit poble de Lilla, dit també l’Illa, és al sud-est de la vila de Montblanc. Les referències documentals d’aquest indret són escasses; una de les úniques notícies data de l’any 1018, quan Hug, fill d’Ansulf, donà al seu fill Bonfill el “castro Alila” amb totes les possessions que tenia dins el seu terme.
De l’església, dedicada a sant Joan, se n’han trobat escasses referències. Podria ser que en la butlla del papa Celestí III atorgada l’any 1194, que esmenta l’església de “Monte Albo cum suffraganeis suis”, l’església de Sant Joan de Lilla es trobés, implícitament, entre aquestes sufragànies, car tradicionalment i encara avui dia continua essent sufragània de l’església parroquial de Sant Maria de Montblanc.
A la darreria del segle XV el temple de Lilla era de col·lació del plebà de Montblanc.
No resta cap vestigi de l’edifici romànic primitiu, car fou substituït per un altre en època moderna que té al frontispici la porta d’entrada, resolta amb arc de mig punt, i a sobre seu una petita rosassa; corona aquesta façana un campanar de tres ulls.